寇克船长奉命最后一次指挥企业号宇宙飞船对抗外星人对地球的大规模攻击，他召集旧部和新队员执行任务，双方展开了一场殊死战斗。第一部的前半部几乎全是讲科克船长召集旧部来执行任务，开场就是久违的企业号穿越太空

太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应

寇克等人作为嘉宾乘新企业号试航，途中收到救援任务……而在另一时空，索伦博士正阴谋毁灭星球，攻击企业号。唯一能够帮助新船长皮卡特来阻止索伦的，只有销声匿迹了78年的寇克船长。

当企业号正在例行巡视时，毕卡舰长突然接到消息，显示柏格人已经进入联合星系，预备直闯地球。这行动直接影响星际间的和平及地球安危，舰长于是率领企业号返回地球准备还击，结果获得胜利。柏格人经过失败后，族人精